На сайте МОА «Черноземье» опубликован окончательный вариант календаря игр и регламент Кубка межрегиональной футбольной ассоциации 2016 года. По сравнению с первоначальным вариантом изменений немного, и касаются они исключительно сроков проведения матчей. Так, поединки первой стадии перенесены на две недели позже.

Напомним, что главным нововведением Кубка стало проведение на четвертьфинальной стадии мини-турнира с участием трёх команд, одна из которых выйдет в полуфинал. В этом мини-турнире сыграют коллективы из Воронежской области: «Олимпик», «Факел-М» и «Атом». 

Представитель Липецкой области ФК «Елец» за выход в полуфинал сразится с новомосковским «Химиком».

1/4 финала. Первые матчи. 9 апреля, суббота. Ротор-Волгоград (Волгоград) - Локомотив-2 (Лиски), матч пройдёт в Лисках. Металлург-ОЭМК (Старый Оскол) - Авангард-2 (Курск). Химик (Новомосковск) - Елец (Елец).

1/4 финала. Ответные матчи. 16 апреля, суббота. Ротор-Волгоград - Локомотив-2. Авангард-2 - Металлург-ОЭМК. Елец - Химик.

1/4 финала. Мини-турнир. 2 апреля, суббота. Олимпик (Новая Усмань) - Факел-М (Воронеж). 9 апреля, суббота. Факел-М - Атом (Нововоронеж). 16 апреля, суббота. Атом - Олимпик.

Полуфиналы. 23 апреля, суббота. 30 апреля, суббота. Ротор-Волгоград/Локомотив-2 - Металлург-ОЭМК/Авангард-2. Победитель мини-турнира - Химик/Елец.

Финал. 20 июля, среда. 23 июля, суббота. 

Регламент Кубка «Черноземья» (полное название - межрегиональный раунд Кубка России, зона «Черноземье») предусматривает выход победителя турнира в финальный этап Кубка России среди непрофессиональных клубов, который пройдёт в ноябре.